1954年北海道増毛町生まれ。
15歳で料理人を志し、札幌グランドホテル、帝国ホテルにて修業。1974年駐スイス日本大使館の料理長に就任。大使館勤務の傍ら、フレディ・ジラルデ氏に師事する。その後も、トロワグロ、オーベルジュ・ドゥ・リル、ロアジス、アラン・シャペル等の三つ星レストランで修業を重ねる。
1985年東京・四ツ谷にオテル・ドゥ・ミクニをオープンする。
1999年料理人の育成や子どもの味覚教育等に取り組む組織、日本フランス料理技術組合を発足。東日本大震災以降、被災地の小学校支援「子どもたちに笑顔を！」笑顔プロジェクトに取り組む。
2013年フランスの食文化への功績が認められ、フランス・トゥールにあるフランソワ・ラブレー大学にて名誉博士号を授与される。
2015年フランス共和国よりレジオン・ドヌール勲章シュヴァリエを受勲。この勲章はナポレオン・ボナパルトにより1802年に創設されたフランスの最高勲章で、日本の料理人へは初めての授与。
2019年「JAPONISÉE Kiyomi Mikuni」を出版。映画でいう「オスカー賞」と賞賛される、“グルマン世界料理大賞2020”Hall of Fame部門で唯一入賞し、後世における規範となる傑作と評価される。現在、子どもの食育活動や、江戸東京野菜の普及活動なども進めている。